Ἡ Μονή ἱδρύθηκε σύμφωνα μέ τήν παράδοση κατά τόν 16ο αἰώνα. Οἱ μαρτυρίες γιά τήν ἱστορία της καί τίς καταστροφές πού ὑπέστη ἡ Μονή, πού πανηγυρίζει στήν ἑορτή τῆς Ζωοδόχου Πηγῆς, εἶναι ἐλάχιστες, ἀλλά στήν πόλη τῆς Ναούσης εἶναι γνωστή ὡς «Παναγιοπούλα», δηλαδή «μικρή Παναγία».
Στή δεκαετία τοῦ 1970 ἡ Μονή ἐγκαταλείφθηκε ὁριστικά καί ὑπήχθη στήν ἐνορία τοῦ ἁγίου Γεωργίου Ναούσης ὡς παρεκκλήσιο. Μετά τήν ἐνθρόνιση τοῦ Σεβασμιωτάτου τό 1994 ἡ ἐνορία ἀνέλαβε τήν ἐπιμέλεια καί τή δαπάνη γιά τήν ἀποκατάσταση τοῦ Καθολικοῦ, τή συντήρηση τῶν τοιχογραφιῶν, τήν ἐγκατάσταση θερμάνσεως καί τή μαρμαρόστρωση τοῦ δαπέδου. Στή συνέχεια οἱ ἐργασίες ἐπεκτάθηκαν καί στή συντήρηση τοῦ μικροῦ διωρόφου κτιρίου πού βρισκόταν σέ ἐρειπιώδη κατάσταση. Τό κτίριο ἀποκαταστάθηκε καί δημιουργήθηκε Ἀρχονταρίκι καί κελλιά.
Τό 2019 ὁ Σεβασμιώτατος εὐλόγησε τήν ἐγκατάσταση τῆς πρώτης μοναχῆς, καί ἡ ἐνορία τοῦ Ἁγίου Γεωργίου Ναούσης παραχώρησε τήν ἰδιοκτησία, προκειμένου νά ἀνασυσταθεῖ γυναικεία Μονή.
Τό 2022 ὁ Σεβασμιώτατος τέλεσε τίς κουρές δύο νέων μοναχῶν πού ἀποτελοῦν τήν Ἀδελφότητα, ἡ ὁποία διακονεῖ στή Μονή καί συνεχίζει τό ἔργο ἀνακαινίσεως καί ἀποκαταστάσεώς της.
